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HTMLのaタグにonclickを記述するのは嫌いなのだが、たまたまそういうスクリプトのページをネスケ6.2で動作チェックしてたら、別ファイルへのリンクがうまく実行されない（クリックのタイミングによっては実行される）という変な現象を発見。
onclickではfoo()を呼び出していて、このfoo()ではlocationに別ファイルを指定している。アドレスバーには別ファイルのURLが一瞬だけ表示されるが、即座に元のURLに戻っているように見える。
href="#" onclick="foo()"
を
href="#" onclick="foo();return false;"
に変更したら正常に動作した。onclickのreturn値がtrueのときはhrefを解釈・実行するが、falseのときはhrefの解釈・実行をしない、という動作かと思われる。
ただしIEではこの現象は生じなかったので、ブラウザによってこのあたりの実装が異なるみたいだ。